孔徑是指填料顆粒的孔或腔的平均尺寸，常見范圍是100～300?，多孔色譜填料與目標物的作用絕大部分（＞95%）是發生在填料顆粒的內部，即孔內的，所以孔徑對于色譜填料而言也是最重要的參數之一。一款填料孔徑大小和孔徑分布，在絕大多數的色譜分離純化中，起到關鍵性作用。