分辨率是指質譜儀區分兩個質量相近（質量差為Δm）的離子的能力。分辨率主要有10%峰谷比和半高峰寬兩種計算方式。

10%峰谷計算方式如下圖（圖來源網絡）：

離子豐度（Abundance of ions）：檢測器檢測到的離子信號強度。

離子相對豐度（Relative abundance of ions）：以質譜圖中zhi定質荷比范圍內zui強峰為100％， 其它離子峰對其歸一化所得的強度。

基峰（Base peak）：在質譜圖中，zhi定質荷比范圍內強度最大的離子峰叫作基峰。基峰的相對豐度為100％。

總離子流圖（Total ions current，TIC）：在選定的質量范圍內，所有離子強度的總和對時間或掃描次數所作的圖。

提取離子色譜圖（Extracted ion chromatogram，EIC）：全掃描質譜中提取的某個特定質荷比的色譜圖。

質量色譜圖（Mass chromatograph）：zhi定某一質荷比的離子強度對時間或掃描號所作的圖，也是我們通常所說的質譜圖。

接下來我們來通過實例來看高分辨質譜的強大用處吧。以谷氨酰胺^-13C₅^-15N₂培養細胞，實測細胞中谷氨酰胺的代謝物谷氨酸為例。谷氨酸分子式為C₅H₉NO₄，平均分子量為147.1293，單同位素分子量為147.05316，理論計算[M+H]+質核比（m/z）為148.0604343。圖中上圖為谷氨酸提取離子色譜圖（保留時間8.79min），下圖中為谷氨酸的質譜圖。色譜圖中只能看到一個峰，而質譜圖顯示出8.79min處的色譜圖包含多個谷氨酸同位素標記物（見圖標記）。從圖中我們可以知道僅用色譜我們是不能判斷出谷氨酸具有多種同位素標記。

下圖為高分辨質譜（分辨率70000）測得的谷氨酸^-13C₃質譜圖（[M+H]+理論值為151.0705，實測值151.0704，誤差為0.66ppm）和谷氨酸¹³C₂^-15N₁質譜圖（[M+H]+理論值為151.0642, 實測值151.0643，誤差為0.66ppm）。如果我們使用的是低分辨率的質譜，我們觀察到的僅是m/z為151.07的一個峰，而不能觀察到不同同位素標記的兩個峰。

高分辨質譜圖還能查看特定質核比的二級質譜圖，通過二級譜圖我門可以很快對化合物進行定性。以2-羥基丁酸和3-羥基丁酸在HILIC條件下測試為例，可以通過m/z=103.0405的二級譜圖判斷，2-羥基丁酸具有特征離子57.0347，而3-羥基丁酸具有特征離子59.0139，從而快速判斷出2.41min為2-羥基丁酸，3.42min為3-羥基丁酸。